协议交易针对的是一笔数额较大的证券买卖。我国现行有关交易制度规则，如果证券单笔买卖申报达到一定数额的，证券交易所可以采用协议交易方式进行交易。上海证券交易所和深圳证券交易所先后于2002年推出了协议交易制度，并于2003年作了进一步的修改。

上海证券交易所在2013年10月18日，在修订《上市交易所交易规则》时对协议交易规则进行了重新规定，深圳证券交易所在2013年修订的《深圳证券交易所交易规则》中修改了协议交易的相关规定。

按照规定，证券交易所可以根据市场情况调整协议交易的最低限额。另外，上海、深圳交易所的规定有所不同。

其中上交所规定：

1、A股单次买卖申报数量数量在30万股（含）以上，或交易金额在200万元（含）人民币以上；B股( 上海)单笔买卖申报数量在50万股（含）以上，或交易金额在30万美元（含）以上；B股（深圳）单笔交易数量不低于5万股，或者交易金额不低于30万元港币；

2、基金协议交易的单次买卖申报数量数量在200万份（含）以上，或交易金额在200万元（含）人民币以上；

3、国债及债券回购协议交易的单次买卖申报数量在1000手（含）以上，或交易金额在100万元（含）人民币以上。

4、其他债券单次买卖申报数量在1000手（含）以上，或交易金额在100万元（含）人民币以上。（企业债、公司债的现券和回购协议交易单笔最低限额在原来基础上降低至：交易数量在1000手（含）以上，或交易金额在100万元（含）人民币以上。参考《关于开展大宗债券双边报价业务及调整协议交易有关事项的通知》）。

5、其他债券单笔买卖申报数量应当不低于1000手，或者交易金额不低于100万元人民币。

上海证券交易所接受协议交易的时间为每个交易日9：30-11：30、13：00-15：30。但如果在交易日15：00前处于停牌状态的证券，则不受理其协议交易的申报。每个交易日的15:00-15:30，交易所对协议交易买卖双方的成交申报进行确认。协议交易的成交价格，由买方和卖方在当日最高和最低成交价格之间确定。该证券当日无成交的，以前收盘价为成交价。买卖双方达成一致后，并由证券交易所确认后方可成交。2013年10月18日起增加16：00至17：00的协议交易时段，在该时段内可接受协议交易的成交申报，所达成交易于次一交易日进入清算交收程序。

深交所规定：

1、A股单笔交易数量不低于30万股，或者交易金额不低于200万元人民币；

2、B股单笔交易数量不低于3万股，或者交易金额不低于20万元港币；

3、基金单笔交易数量不低于200万份，或者交易金额不低于200万元人民币；

4、债券单笔交易数量不低于5千张，或者交易金额不低于50万元人民币；

5、债券质押式回购单笔交易数量不低于5千张，或者交易金额不低于50万元人民币；

6、多只A股合计单向买入或卖出的交易金额不低于500万元人民币，且其中单只A股的交易数量不低于20万股；

7、多只基金合计单向买入或卖出的交易金额不低于300万元人民币，且其中单只基金的交易数量不低于60万份；

8、多只债券合计单向买入或卖出的交易金额不低于100万元人民币，且其中单只债券的交易数量不低于2千张。

深交所协议交易采用协议协议交易和盘后定价协议交易方式。协议协议交易，是指协议交易双方互为指定交易对手方，协商确定交易价格及数量的交易方式。盘后定价协议交易，是指证券交易收盘后按照时间优先的原则，以证券当日收盘价或证券当日成交量加权平均价格对协议交易买卖申报逐笔连续撮合的交易方式。采用协议协议交易方式的，接受申报的时间为每个交易日 9:15 至 11:30、13:00 至 15:30。采用盘后定价协议交易方式的，接受申报的时间为每个交易日15:05至15:30。当天全天停牌的证券，深交所不接受其协议交易申报。

有价格涨跌幅限制证券的协议协议交易的成交价格，在该证券当日涨跌幅限制价格范围内确定。无价格涨跌幅限制证券的协议协议交易的成交价格，在前收盘价的上下30%之间确定。